L'agricultura i la ramaderia fan la seua aparició a les comarques de l'Alcoià i del Comtat cap a l'any 5000 aC, a partir d'influències mediterrànies que introdueixen una cultura material nova, caracteritzada per l'aparició de la ceràmica, la pedra polida o els utensilis d'os. Juntament amb aquestes novetats del registre material apareixen els primers vestigis de cereals i d'animals domèstics, amb la qual cosa s'inicia el neolític, període caracteritzat per l'aparició de l'economia de producció. Alguns dels jaciments més destacats d'aquestes poblacions d'agricultors i pastors primitius del Mediterrani occidental són la Cova de l'Or (Beniarrés) i la Cova de la Sarsa (Bocairent), d'on procedeixen vasos de ceràmica excepcionals amb decoració cardial, realitzada amb la petxina del Cardium edule.

Cap al 3000-2500 aC es desenvolupa el període eneolític. En aquest moment les coves deixen de ser els llocs d'ocupació principal per a donar pas a la generalització de l'hàbitat en les planures, com s'ha pogut documentar a les terrasses al·luvials de la conca alta del riu d'Alcoi, entre els quals es pot esmentar l'assentament de les Jovades (Cocentaina) o el de Niuet (Alqueria d'Asnar).

Les coves presenten ocupacions més breus i són utilitzades en molts casos com a corrals i en d'altres són emprades com a llocs d'enterrament col·lectiu durant el tercer mil·lenni. Entre aquestes destaquen les de les Llometes (Alcoi), la Cova de la Pastora (Alcoi) o la Cova Bolumini (Alfafara), on es van depositar les restes funeràries acompanyades d'alguns aixovars amb objectes d'ús comú; adorns o peces amb significat religiós, com ara ídols d'os. Entre les restes humanes destaquen alguns cranis sotmesos a trepanació.